發酵護膚品OEM,從蛋白質序列到功能的預測

發酵護膚品OEM,廣州楓雅生物科技有限公司關于從蛋白質序列到功能的預測

如果我們能夠利用計算生物學的方法，大量注解這些序列信息，就能夠積累很多對于蛋白質結構的認識，蕞終達到從量變到質變的飛躍。

發酵護膚品OEM,來自美國紐約霍華德醫學中心的科學家們討論了基于蛋白質功能注釋結構的新方法。在以前，已有的預測方法都是基于序列的同源性，進化關系和在基因組的位置來預測序列對應的模板及其功能。而對于三維結構信息，在這些預測中使用的很少。

發酵護膚品OEM,然而這種情況正在改變。得益于日漸成熟強大的同源建模技術，很多未知的蛋白質結構可以得到高可信度的預測。基于模板功能預測的更新，就是建立在這樣的同源建模上。從蛋白序列預測結構，再基于結構的相似性找到對應的模板，那么我們就可以由此推測出這個序列可能和模板蛋白有類似的功能。

發酵護膚品OEM,那么，我們該如何定義結構的相似性？除了蛋白質的二級三級結構的相似性外，還有很多其他方向的相似性可以考慮。例如，很多蛋白質都有結構空腔或者口袋，這些位置可能存在一定保守性。還有，一些化學特性，如蛋白質表面的靜電勢，也要充分考慮。在數據庫中尋找序列的模板時，首先要對序列的相似性，蛋白質全局結構和局部結構構建矩陣進行比對。具體來說就是先將查詢序列的建模結構和蛋白質數據庫中的蛋白進行重疊，再考慮局部的結構和序列的差異和相似性。這里所考慮的功能的相似性，主要是指有類似的相互作用特性，比如，查詢的蛋白和模板都能夠和同一種類型的分子結合。

發酵護膚品OEM,基于結構來注解蛋白質序列的功能主要有兩個作用。其一，結構的相似性可能意味著相似的蛋白質結合特性。其二，基于結構的相似性預測能夠發現更多的信息，這是序列比對所做不到的。計算生物學的方法能夠發掘更多的信息，對未來的生物研究和藥研發有重大意義。

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